Der Verlauf der Krückau auf Kaltenkirchener Gebiet ist eng mit dem Hochwasserschutz verbunden. Durch die hohe Flächenversiegelung sind im Quellbereich der Krückau einige Regenwasserrückhaltebecken notwendig geworden. Erst ab der Flottkampschule ist die Krückau als Au erkennbar. Die Regenwasserrückhaltebecken sollten so angelegt sein, dass sie nach Starkregen innerhalb von 24 Stunden trockenlaufen. Sie müssen auch von Bewuchs freigehalten werden. Andernfalls wird die Wasserqualität durch zu hohe Nährstoffeinträge verschlechtert und das Fassungsvermögen der Becken reduziert. Herr Freese sieht hier Handlungsbedarf. Aus seiner Sicht ist die Wasserqualität beim Ablauf aus dem Mondsee in die Krückau grenzwertig, der Sauerstoffgehalt zu gering. Die laufende Pflege der Rückhaltebecken ist erforderlich, auch wenn das einigen Kaltenkirchenern als naturfern erscheinen mag.

Ab der Flottkampschule wurde 2013 die Struktur der Krückau durch EU-geförderte Maßnahmen verbessert. Die Beschattung wird durch Erlenanpflanzungen an der Südseite gewährleistet. Außerdem wurde im oberen Bereich eine Schleife eingearbeitet, und im weiteren Verlauf wurden der Krückau durch Steine, Totholz und Kiesbereiche die Möglichkeit gegeben, sich ein neues Bett zu suchen.